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选择处暑前后的晴天采收。
用来贮藏留种的百合一定要充分成熟，含水量低，无病，无虫伤。捡球装筐时要去掉茎秆，除去泥土，剪去须根，轻拿轻放，分级装筐，并及时遮光运回室内。
选择母鳞茎肥大、整齐度一致、色泽洁白、根系健壮、顶平而圆、苞口完好、无病、无虫伤、无异味、无烂片、下根多且粗壮、分囊清楚（每个种球具有3～4个子鳞茎）的种球做种，无根种球不宜留做种用。
对种球进行药剂处理。用500倍液的百菌清和1500倍液的三氯杀螨醇乳油浸种20～30分钟，晾干后即可贮藏。贮藏地点应干燥、通气、遮光。贮藏室应用0.3%的甲醛和高锰酸钾熏蒸1次，切勿将种球放在水泥地面上。
在地上铺一层7厘米厚的清洁壤土（手捏成团、手松落地即散）或干细河沙，然后放一层百合，根朝下，排列整齐，再盖一层厚约4厘米的土或沙，上面再放一层百合，根系朝上，再盖一层土或沙，再放一层百合（一般可放3～4层），最上面用土或沙完全盖住百合。四周用土或沙封严，可贮藏到第二年的春天。在百合贮藏过程中，可在贮藏室内挂置一个干湿温度计，控温控湿，改善通风条件。每隔20～30天检查1次，不宜过多翻动，如发现坏死腐烂的百合种球，应及时清除。
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- 确认果实成熟：百合的种子位于植株上形成的果实中。等到百合的花朵凋谢，果实开始成熟时，果实通常会变得更大和更饱满1。
- 收集种子：等到百合的果实充分成熟后，使用剪刀或手动将果实剪下。确保果实完全成熟，因为未成熟的种子可能无法发芽1。
- 拆解果实：将收集的果实放在干净的容器中，用手或工具拆解果实，取出种子。有些百合种子可能包裹在果肉中，需要小心地将其取出1。
- 清洁和晾干：将取出的种子放在纸巾或干净的布上，用柔软的刷子或纸巾轻轻清洁种子表面的果肉和杂质。然后将种子晾干，让它们完全干燥12。
- 存储种子：将干燥的百合种子放入干燥、透气且密封良好的容器中，如塑料袋或玻璃瓶。最好在容器中加入一些干燥剂，如硅胶包，以吸收潮气，避免种子受潮和发霉。将容器放置在阴凉、干燥的地方，如保险柜或冰箱的冷藏室
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